If you'd like to cite a general overview paper about Borboleta, this is a good reference:

Borboleta: A Mobile Telehealth System for Primary Homecare. Rafael Correia, Fabio Kon, Rubens Kon. In Proceedings of the 23rd ACM Symposium on Applied Computing. pp. 1343-1347. March 2008.

Refereed Conference and Workshop papers

• On the Ethics of Democratic Access to Web Information
  Flavio Soares Correa da Silva
  Knowledge, Technology and Policy, v. 23(1). 2010.
  
  
• Borboleta and SaguiSaúde - Open Source Mobile Telehealth for Public Home Healthcare
  Gustavo Luiz Duarte, Rafael Correia, Pedro Leal, Helves Domingues, Fabio Kon, Rubens Kon, João Eduardo Ferreira
  In Proceedings of The 8th International eHealth, Telemedicine and Health ICT Forum (Med-e-Tel),
  April 14-16, 2010, Luxembourg, Luxembourg.
  
  
• Replicação Assíncrona em Modelagem Evolutiva de Banco de Dados
  Helves Humberto Domingues, Fabio Kon, João Eduardo Ferreira
  In Proceedings of 24th Brazilian Symposium on Databases,
  pages 121-135, October 5-7, 2009, Fortaleza, Ceará, Brazil. (slides)
  
  
• Acordo de Chave sem Certificados sob Emissão de Múltiplas Chaves Públicas
  Denise Goya, Vilc Rufino, Routo Terada,
  In Proceedings of the SBSeg 2009,
  9th Brazilian Symposium on Information and Computer System Security,
  september 28 - october 2, 2009, Campinas, SP, Brazil (in Portuguese).
  
  
• Correção de Deficiências no Acordo de Chaves de Mandt
  Vilc Queupe Rufino, Routo Terada
  In Proceedings of the SBSeg 2009,
  9th Brazilian Symposium on Information and Computer System Security,
  from september 28 to october 2, 2009, Campinas, SP, Brazil (in Portuguese).
  
  
• Heterogeneidade como solução para banco de dados móveis em um sistema de saúde
  Gustavo L. Duarte, Helves Domingues, Fabio Kon, João E. Ferreira.
  In WIM - 9th Workshop on Medical Computing, Bento Gonçalves, Brazil, July 2009.(slides)
  
  

• Sistema Móvel Multimídia de Código Aberto para Atencão Primária de Saúde com Visitas Domiciliares
  Rafael Correia, Arlindo Flavio da Conceição, Fabio Kon, Rubens Kon, José Ricardo Brandão.
  In FISL - 10th Workshop on Free Software, Porto Alegre, Brazil, July 2009.(slides)
  
  
• Análise Comparativa de Protocolos de Segurança para Redes de Sensores Sem Fio
  Mateus Santos, Routo Terada
  In SIRC/RS - Simpósio de Informática da Região Centro/RS,
  June 3-5, 2009, organized by UNIFRA - Centro Universitário Franciscano,
  Santa Maria, RS, Brazil (in Portuguese).
  
  
• A new version of the RC6 algorithm, stronger against χ² cryptanalysis
  Routo Terada, Eduardo T. Ueda
  In Proceedings of the Australasian Information Security Conference (AISC 2009),
  pages 47-52, January 20-23, 2009, Wellington, New Zealand,
  by Queensland University of Technology (QUT) in Brisbane, Australia.
  
  
• Análise e Modelagem Conceitual de um Sistema de Prontuário Eletrônico para Centros de Saúde
  Helves Domingues, Rafael Correia, Fabio Kon, Rubens Kon, João Eduardo Ferreira.
  In SBC - 8th Workshop on Medical Computing, Belém, Brazil, July 2008.(slides)
  
  
• Knowledge-based Modality Selection for Information Presentation in a Mobile System for Primary Homecare
  Flavio Soares Correa da Silva.
  In Artificial Intelligence and Simulation of Behaviour - Workshop on Multimodal Output
  Generation, Aberdeen, UK. 2008.(slides)
  
  
• Borboleta: A Mobile Telehealth System for Primary Homecare.
  Rafael Correia, Fabio Kon, Rubens Kon.
  In 23rd ACM Symposium on Applied Computing. Fortaleza, Brazil, March 2008.(slides)
  
  
• Um Sistema de Software Livre para Gerenciamento de Centros de Saúde.
  Rafael Correia, Fabio Kon, Rubens Kon, João Eduardo Ferreira.
  In 3rd Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP. São Paulo, Brazil, November 2007.(slides)
  
  

Tutorial

• Modelos de Criptografia de Chave Pública Alternativos
  Denise Goya, Mehran Misaghi, Vilc Rufino, Routo Terada
  In Minicursos do SBSeg 2009, chapter 2, 2009, 9th Simpósio Brasileiro em Segurança da Informação e de Sistemas Computacionais,
  UNICAMP, Brazil, Sep.28-Oct.02, 2009, by The Brazilian Computer Society (in Portuguese)

• Evolução de Banco de Dados em Métodos Ágeis
  Helves Domingues, Fabio Kon, João Eduardo Ferreira.
  SBBD e SBES - 23rd Simpósio Brasileiro de Banco de Dados, XXII Simpósio Brasileiro de Engenharia de Software,
  Campinas, Brazil, October 2008.
  
  

Posters and Short Papers

• Projeto Borboleta: Ferramentas Móveis e Multimídia para Atenção Básica Domiciliar Arlindo F. da Conceição, Rafael L. Pereira, João V. P. Rezende, Bruno N. M. Silva, 
  Rafael J. P. Correia, Helves H. Domingues, Rubens Kon e Fabio Kon
  CBIS - 11th Congresso Brasileiro de Informática em Saúde. Campos de Jordão, Brasil, November 2008.
  
  
• Desenvolvimento de Modelo Conceitual de Sistema de Informação para Atenção Primária à Saúde
  Rubens Kon, Norma Sueli Colucci da Silva, Gisele Magalhães Lanferini, Shirlei C. Faria
  CBIS - 11th Congresso Brasileiro de Informática em Saúde. Campos de Jordão, Brazil, November 2008.
  
  

Thesis

• Borboleta: A Mobile Telehealth System for Primary Homecare
  Rafael J. P. Correia. São Paulo, Brazil, February 2011.
  This master research objective is to present a definition and development of a mobile system that helps the healthcare providers to collect relevant data on the patient status on the site of the homecare treatment.(slides)
  
  
• Brazilian Portuguese Speech Recognition for Navigation on Mobile Device Applications - MSc Thesis
  Edwin Miguel Triana Gómez, São Paulo, June 2011.